Το Πρόγραμμα Εξειδίκευσης στην Ειδική Αγωγή με επιστημονικό και ακαδημαϊκό υπεύθυνο τον καθηγητή Γιάννη Παπαδάτο είναι το παλαιότερο στο χώρο και λαμβάνει τη μέγιστη δυνατή μοριοδότηση από το Υπουργείο  Παιδείας  για διορισμούς μονίμων και αναπληρωτών εκπαιδευτικών, για ενδοϋπηρεσιακή εξέλιξη σε θέση στελέχους αλλά και για την επιλογή σε συναφείς με την εκπαίδευση φορείς. Λειτούργησε για πρώτη φορά στο  Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών το 2003 και στα 19 χρόνια ανελλιπούς παρουσίας του, έχει επιμορφώσει επιτυχώς χιλιάδες εκπαιδευτικούς και επιστήμονες της Ειδικής Αγωγής. Το πρόγραμμα σπουδών παρέχει υψηλού βαθμού εξειδικευμένη εκπαίδευση και επαγγελματική κατάρτιση, ενώ από το 2020 προσφέρεται και μέσω e-learning. Ειδικότερα  το ακαδημαϊκό έτος 2021-2022 προσφέρονται νέα πρωτοποριακά προγράμματα,  που βρίσκονται στην αιχμή των νέων εξελίξεων και εξόχως ενδιαφέρουσες ειδικεύσεις με τη χρήση των πιο προηγμένων τεχνολογιών και των πιο σύγχρονων μοντέλων σχεδιασμού της διδασκαλίας.